胃や胆道・膵臓の手術および生体肝移植などを受けられた経験のある患者さんにおける胆膵疾患（閉塞性黄疸・胆管炎・胆管結石・胆管・膵管空腸吻合部狭窄・肝内結石など）に対する内視鏡的治療は、術後の解剖学的特性に加えて術後癒着のため、従来の内視鏡では治療が困難でありました。そのためバルーン内視鏡が登場する前は、経皮経肝的治療や開腹手術などの侵襲度の高い治療法を選択せざるを得ませんでした。
経皮経肝的治療：お腹から針を刺して胆管にチューブを入れる治療です。胆道鏡による観察や胆管結石の除去を行う場合、チューブを段階的に太くしていく必要があるので、治療回数が頻回となり、入院期間が4～6週間と長期になります。チューブが入っているところの痛みや違和感を生じることがあり、チューブが入っている間はお風呂に入れないなど日常生活が制限されます。
開腹手術：内視鏡的治療より侵襲が大きく、術後の回復に時間がかかります。入院期間も1ヶ月前後となり、お腹からドレーンというチューブが出るため、しばらくは日常生活が制限されることが多いです。特に術後再建腸管を有する患者さんでは、癒着があるために手術時間が長時間になることが多く、胆汁瘻や膵液瘻、縫合不全などの偶発症を起こす場合もあります。
また、狭窄や結石は再発することがありますが、再発のたびに経皮経肝的治療や開腹手術を繰り返し行なうことは患者さんに多大な負担を強いることになります。
バルーン内視鏡を用いたERCPによる内視鏡的治療の場合、特に偶発症やトラブルがなければ、多くの患者さんで治療回数は1～2回、入院期間は1～2週間程度で行なうことが可能です。また、狭窄や結石が再発した場合も比較的容易に繰り返し治療を行うことが可能です。