小腸に出血、炎症、腫瘍などの異常が疑われる場合に行います。病気が見つかった場合には、上述のダブルバルーン内視鏡検査や小腸造影検査などで、さらなる精査や治療を検討します。
また、小腸に狭窄が疑われる場合には、カプセル内視鏡検査が安全にできるか評価する目的で、事前にパテンシーカプセルという、カプセル内視鏡と同一サイズの崩壊性カプセル内視鏡を内服していただき消化管の開通性を評価します。

大腸に、主に腫瘍やポリープがないか確認する目的で行います。現在保険適応となっているのは、「大腸内視鏡検査を実施したが、腹腔内の癒着等により盲腸まで到達できなかった方」もしくは「大腸内視鏡検査が必要だが、腹部手術歴があり癒着が想定される場合など、器質的異常により大腸内視鏡検査が実施困難と判断された方」となっています。
検査時に大腸の中に便が残っていると、鮮明な写真が撮影されずに診断が困難になりますので、大腸内をきれいにするために検査前日・当日に下剤を計4～6L内服していただきます。治療適応のあるポリープや腫瘍が見つかった場合には、大腸内視鏡検査による精査や内視鏡的ポリープ切除術を行います。